مسجد چوبی نیشابور در حومه شهر و در دهکده چوبین نیشابور ، مسجدی نمادین است، که کاملاً با چوب ساخته شده و درختان بسیاری دارد. این بنا ۲۰۰ متر مربع وسعت دارد و سقف آن به صورت شیروانی میباشد. مسجد چوبی نیشابور، اولین مسجد چوبی مقاوم در برابر زلزله در جهان میباشد که دو مناره آن 13 متر از سطح زمین ارتفاع و وزن هر یک تقریباَ 4 تن میباشد. شکل ظاهری آن به صورت کشتیای وارونه بر زمین است و در ساخت آن که حدود 2 سال طول کشیده است، 40 تن چوب به کار رفته است. مسافران میتوانند از این مکان تاریخی دیدن نمایند
مسجد چوبی این دهکده در ایران و جهان بی نظیر و بنای آن به گونهای است که تا صدها سال دیگر نیز آسیب نخواهد دید. اسکلت این مسجد به شیوه Two by Four یا Double L ساخته شده است و منارهها به سقف به گونهای اتصال دارند که در داخل مسجد ستونی وجود ندارد. دیوارههای آن دوجداره بوده که بین این دو لایه، اسکلت بنا وجود دارد. اسکلت منارهها و سقف و همچنین سقف و دیوارهها به روش عنکبوتی اتصال دارند بطوریکه اتصال منارهها طوری است که وزن آنها به صورت مساوی، ابتدا روی سقف و سپس به دیوارهها و از آنجا به زمین منتقل میشود , این نام به دلیل شیوه ساخت آن که مانند تنیدن تار عنکبوت است میباشد. قابل توجه است که از طریق نردبان داخل منارهها میتوان به بالای مناره مسجد چوبی نیشابور دسترسی پیدا کرد. جالبترآنکه در محل اتصال مناره به سقف، دریچهای تعبیه شده که مانند یک کانال تهویه عمل میکند بطوریکه در تابستان هوای پاکیزه از طریق بادگیر مخصوصی که در سقف بنا شده، داخل مسجد میگردد و هوای گرم و آلوده را از فضای مسجد خارج میکند و به این ترتیب یک تهویه طبیعی انجام میپذیرد. دیوارهها کمی حالت زاویهدار دارند که انتقال وزن را از مناره به زمین سادهتر میسازد. با توجه به زلزله خیز بودن منطقه نیشابور، این مسجد میتواند تا ۸ ریشتر زمین لرزه را تحمل کند.
دیوارهها، کابینتها و حتی سینیهای آبدارخانه مسجد چوبی نیشابور، چوبی است. بر روی دیوارههای داخلی و بیرونی مسجد به ترتیب تعداد 7 و 6 کتیبه زیبا از آیات قرانی به همراه قابهایش از چوب درختان توت و گردو نصب است. مسجد دارای یک ایوان بیرونی که کف آن از خشت است میباشد.
محلی که در آن مسجد چوبی نیشابور ساخته شده، بسیار موریانه خیز است، لذا برای جلوگیری از اثرات مخرب چوب خواران راهکارهای ویژهای در ساخت این مسجد و دیگر بناهای این مجموعه به کار گرفته شده است. بطوریکه به عنوان نمونه، خانه سازنده مجموعه با عمر بیش از۲۰ سال، از آسیب چوب خواران به دور مانده است. چوبهای ویژه با فرآوری خاص، برای ماندگاری دراز مدت دیوارههای خارجی در برابر نزولات آسمانی استفاده شده است. در ساختمان و تزیینات داخلی چوبهای مختلفی از درختان مثمر و غیر مثمر مانند انواع کاجها، گلابی، زبان گنجشک، اشن، گردو، سپیدار، گیلاس و توت استفاده شده است. نور پردازی ویژه مجموعه در شبها برای زائران تور مشهد جلوه خاصی دارد.